В 1963 году в здании бывшего пединститута открылась восьмилетняя школа № 89. Первым ее директором был Куделькин Виктор Федорович.
Пока строилось новое здание школы, уже другой директор – Левченко Анна Павловна, перевезла восьмилетнюю школу № 89 в здание, где сейчас находится художественное училище.
26 сентября 1972 года школа переселилась в новое, специально для нее построенное здание на улице Ю.Смирнова, 18А и стала называться – средняя школа № 89. В новой школе директором была Пивкина Анна Александровна, которая создала творческий, энергичный коллектив учителей. Под ее руководством 89-ая стала побеждать в олимпиадах, спартакиадах, смотрах..
В 1980 году директором школы стала Пономарева Эльвира Петровна. Лучшая по всем показателям школа стала опорной в районе.
В 1989 году школу возглавила Хвостова Римма Ивановна. Школа становится центром профориентационной работы.
В 1992 году директором школы была Фральцова Тамара Анатольевна, при которой началась отработка модели многопрофильной гимназии. В 1996 году школе был присвоен статус многопрофильной гимназии.
С 1996 года директором гимназии становится Зенова Татьяна Васильевна.
В 2001 году гимназия прошла лицензирование, государственную аттестацию и аккредитацию на статус лицея, а в 2006 году МОУ «Лицей № 89» успешно прошел аттестацию, аккредитацию на подтверждение своего статуса.
С 2022 года директором лицея стала Комбарова Татьяна Викторовна
| Год | Достижения |
| 1993 | Школа стала победителем республиканского конкурса «Школа года |
| 1999 | Многопрофильная гимназия стала победителем Всероссийского конкурса «Школа года — 1999» |
| 2001 | Лауреат I Всероссийского конкурса воспитательных систем ОУ в номинации «Общеобразовательная школа» |
| 2002 | Лицей стал победителем городского конкурса «Школа года — 2002» |
| 2003 | Лицей — призер конкурса «Лучшие школы Кузбасса» |
| 2004 | Лицей – победитель первого Всероссийского конкурса моделей ученического самоуправления ОУ |
| 2004 | Победитель областного конкурса «Здоровьесберегающие технологии в образовании Кузбасса», в номинации «Школа – территория здоровья» |
| 2005 | Победитель городского смотра-конкурса «Лучшая школа года» в номинации «Организация работы по ОТ, ТБ, ГО и ЧС» |
| 2005 | Победители областного турнира по шахматам «Белая ладья» |
| 2006 | Победитель городского конкурса «Лучшая школа года в номинации «Организация работы по созданию воспитательной системы ОУ» |
| 2006 | Победитель Всероссийского конкурса на лучшее ОУ, внедряющее инновационные образовательные программы (грант на 1 млн. рублей) |
| 2007 | Победители городского первенства по шахматам среди школьников |
| 2008 | Победители районного смотра – конкурса «Лучшие юнармейские отряды» — к обелиску славы» |
| 2008 | Победители в районной спартакиаде среди допризывной и призывной молодежи, посвященной Дню защитника отечества и 63й годовщине победы в ВОВ |
| 2009 | Почетная грамота администрации г.Кемерово за качественную подготовку образовательного учреждения к новому учебному году |
| 2010 | Призеры в районной межведомственной программе по организации летнего отдыха детей и подростков «Радужная карусель — 2010» |
| 2011 | Победитель городской конкурс юных краеведов «Я — Кемеровчанин» |
| 2012 | Победитель городского конкурса по охране труда в номинации «Лучшая организация по проведению работы по охране труда в бюджетной среде» |
| 2013 | Лицей включен в Национальный Реестр «Ведущие образовательные учреждения России» |
| 2014 | Призер областного этапа X Всероссийских Акций «Спорт — альтернатива пагубным привычкам» |
| 2015 | Победитель конкурса «Инновации в образовании» в рамках Кузбасского образовательного форума Призер регионального этапа конкурса «Российская организация высокой социальной эффективности» |
| 2016 | Лауреат конкурса «Инновации в образовании» в рамках Кузбасского образовательного форума в номинации «Лучшая образовательная организация» |
| 2017 | 1.Победитель конкурса «Лучшая образовательная организация года» в номинации «Безопасность и здоровье» в рамках Кузбасского образовательного форума – 2017 2.Победитель конкурса на лучший экспонат, представленный на специализированной выставке-ярмарке «Кузбасский образовательный форум», экспонат «Сочинения учащихся МБОУ «Лицей №89» к 70-детию Дня Победы «Правнуки Великой Победы»3. победитель всероссийского конкурса «Российская организация высокой социальной эффективности» в номинации «За сокращение производственного травматизма и профессиональной заболеваемости в организации непроизводственной сферы» |
| 2018 | конкурс «Инновации в образовании» в рамках Кузбасского образовательного форума в номинации «Инновации в обучении», диплом II степени |
| 2019 | конкурс «Инновации в образовании», диплом III степени; конкурс на лучший экспонат в рамках Кузбасского образовательного форума, дипломы I степени (2 учебно-методических комплекса) |
| 2020 | 1.конкурс на «Лучший экспонат-2020» в рамках международной выставки-ярмарки «Кузбасский образовательный форум» — серебряная медаль и диплом I степени за учебно-методические комплексы.2.региональный конкурс «Собери коллекцию знаков ГТО», диплом III степени в номинации «Самая большая корпоративная коллекция».3.победитель регионального конкурса «Самый спортивный трудовой коллектив фестиваля марафона ГТО» |
| 2021 | победитель в региональном этапе всероссийского конкурса «Ученик года-2021». |
| 2022 | 1.региональный конкурс «Лучшая образовательная организация» в рамках Кузбасского научно-образовательного форума – 2022, диплом лауреата в номинации «Качество образования»2.региональный конкурс «Инновации в образовании» в рамках Кузбасского научно-образовательного форума – 2022, диплом I и II степени в номинации «Инновации в обучении» |
